nginx veya .htaccess konfigurasyonunu değişmiş olabilir. ssl yenileyince ben de de oldu son calisan konfigurasyonu kaydetmistim yine eskisi gibi çalışıyor. letsencrypt 3 ayda bir yenileme istiyor ve yenileyince de default bir konfigurasyon geliyor bende. Sizin sorununuz tabi daha farkli olabilir.
